Меннониты не были признаны ни в Германии, ни в Нидерландах, и поэтому могли собираться на богослужение лишь тайно, под страхом казни (так как считались сектантами. Голова самого Меннона была оценена в 1540 г. Карлом V, поэтому он скрывался от властей.

Большинство его последователей, избегая гонений в отечестве, воспользовалось приглашением заняться работами по осушению болот в Пруссии, между Данцигом, Эльбингом и Мариенбургом. Когда эта работа была ими исполнена с полным успехом, означенная территория, находившаяся во власти короля польского, была отдана им в полное владение. Не ранее как в 1780 г. на них наложена была подать в 5000 талеров, а в 1790 г. у них отнято было право приобретать здесь земельную собственность.

Во время гонений между М. оказалось много «падших», то есть отрекшихся от своего вероисповедания. Когда гонение утихло, возник спор об отношении «церкви» к этим падшим. Все общество М. разделилось по этому вопросу на «радикалов», под предводительством Филиппа Дирка, требовавших безусловного отвержения падших церковью, и «умеренных», соглашавшихся на их воссоединение. Победа осталась на стороне радикалов, и все «умеренные» собором были отлучены от церкви, несмотря на то что к этой партии принадлежал сам Меннон. Тогда «умеренные», соединившись с нидерландскими М., образовали особую, весьма многочисленную секту «либеральных тауфгезинтов» (Taufgesinnten), название же М. осталось за радикалами. Впоследствии строгих М. стали называть утонченными, а либеральных — грубыми М. Радикалы потребовали от Меннона, чтобы он произнес проклятие на либералов, и М. уступил, написав в своё оправдание второе сочинение «Об отлучении», за которое два тауфгезинтских проповедника — Цилис и Леммекен — провозгласили своего вождя «изменником». Меннон отвечал им анафемой, но перед смертью сказал окружавшим: «не будьте слугами людей, как я».

Со времени смерти Меннона до 1572 г. М. в Нидерландах снова подвергались жесточайшим преследованиям. Перекрещивание, отрицание присяги, уклонение от военной службы — эти «догматы» Меннона вызывали общую ненависть даже в народе, считавшем М. противниками не только церкви, но и государства. «Утонченные» и «грубые» М. все более и более обособлялись друг от друга. «Грубые» углубились в догматику и доходили до рационализма; утонченные занялись нравственной казуистикой и регламентацией правил обыденной жизни. Для всех членов меннонитских общин установлена была форма и ценность одежды, убранство жилищ и т. п. Лучшим в это время явлением между М. было общее почти стремление устроить свою жизнь наподобие первобытной христианской общины. Но и в этом отношении скоро возникли разногласия, например о том, в храме ли только друг другу, или и в частных домах, всем странствующим, нужно умывать ноги; подвергать ли отлучению за нарушение правил об одежде и жилищах и т. п. В эпоху борьбы за освобождение Нидерландов голландские М. оказали великие услуги своему отечеству, жертвовали нередко всем своим состоянием, вступали солдатами в армию Вильгельма Оранского и т. д. Вследствие этого они получили полную свободу богослужения, право заводить школы и созывать соборы из представителей своих общин. На первом же из этих соборов обнаружилось, что 24 тауфгезинтских общины уже много лет не имели своих храмов и проповедников, а детей своих обучали в школах реформатских. Вследствие этого М. неминуемо должны были подпасть, в своём религиозном учении и культе, влиянию отчасти реформатов, отчасти ремонстрантов, под которым и находились все XVII и половину XVIII в. Реформатская церковь неоднократно пыталась навязать М. символ, составленный несогласно с учением Меннона.

В 1795 г. голландские М. были уравнены в правах с католиками и реформатами; вмешательство гражданской и церковной власти в дела их общин было устранено. На Амстердамском соборе состоялась полная уния всех партий М. Они устроили миссии (на острове Ява) и благотворительные заведения, а в начале XIX в. у них появилась в Амстердаме и семинария для приготовления проповедников. В Гарлеме существует «Богословское общество» М.

В Пруссии, в 1847 г., М. лишены свободы от военной службы, вследствие чего значительная их часть эмигрировала в Россию. В 1869 г. один из вождей М., Мангарт, признал, что меннонитский догмат об обязательном устранении от военной службы не имеет безусловного значения, так как война допускается и Св. Писанием, как средство самозащиты, составляющей такую же обязанность христианина, как и обязанность никого не убивать, нападая.

Догматика меннонитов
После богословского состязания с одним из учеников Лютера, Иоанном Лоска, Меннон издал два сочинения: «О вочеловечении Спасителя» и «О крещении».

Результаты собора, созванного им для рассуждения о церковной дисциплине меннонитов, Меннон изложил в сочинении: «Об отлучении от церкви Христовой».

В Прибалтике Меннон написал главное догматическое сочинение — «О Троице» (против унитариев), в котором утверждает, что взаимное отношение лиц Св. Троицы составляет тайну, предмет верования, а не рассуждения.

Характерные черты вероучения меннонитов:

Ожидаемое восстановление в мире царства Божия через основание и распространение на земле церкви чистой и святой.
Безусловная вера в Библию, и буквальное толкование Её.
Свобода личного понимания в области верования.
Евхаристия трактуется символически, как благоговейное воспоминание события из жизни Иисуса Христа, способствующее возвышению и укреплению чувства веры, а не как таинство.
Крещение совершается только над взрослыми.
Судебные тяжбы, присяга и воинская служба отрицаются. Меннонитство отличается «миролюбивым и умеренным» характером[источник?]. Никогда не призывает к насилию и злу. Заставляет задуматься о смысле всей жизни вообще, о самосовершенствовании и развитии своей души.
В церковном отношении каждая самостоятельно организовавшаяся община существует независимо от других. Именно община избирает своих духовных наставников и проповедников. Для решения дел, касающихся целой общины, созывается «общее церковное собрание», постановления которого утверждаются «конвентом духовных старшин». Конвент является представителем общины перед правительством.